Các quy định pháp luật liên quan đến thực hiện tự chủ đại học chưa đồng bộ; quan điểm, nhận thức về tự chủ đại học chưa đầy đủ, đúng bản chất… là những khó khăn lớn nhất dẫn đến việc triển khai tự chủ đại học hiện nay chưa đạt hiệu quả như mong muốn. Theo các chuyên gia, gỡ nút thắt trong vấn đề tự chủ đại học, điều quan trọng nhất là trao quyền tự chủ một cách trọn vẹn cho các cơ sở giáo dục đại học thông qua việc đồng bộ các quy định pháp luật liên quan.